FOXHOUND war eine 1971 von Big Boss gegründete Sondereinsatztruppe. Die Gruppe entstand nach Abspaltung von der Vorgänger-Organisation FOX während des San Hyeronimo-Zwischenfalls. Die Einheit sollte dabei die Verräter der alten Einheit erledigen (Foxhound bezeichnet eine Hunderasse, die traditionell zur Fuchsjagd eingesetzt wurde). Wie schon die Mitglieder von FOX arbeiteten auch die FOXHOUND-Mitglieder weitestgehend alleine.
Der erste Befehlshaber der Einheit war der legendäre Söldner Big Boss, der von Roy Campbell abgelöst wurde. Die erfolgreichen Einzelkämpferaktionen während der Aufstände von Outer Heaven und Zanzibarland trugen Foxhound großen Ruhm ein. Das damals verwendete Foxhound-Emblem war Komikhaft. 2005 lehnte sich eine aktive Foxhound-Einheit auf der Insel Shadow Moses auf. Dieses Ereignis wurde als Zwischenfall von Shadow Moses bekannt. Ein ehemaliges Foxhound-Mitglied, Solid Snake schlug den Aufstand nieder. Die Einheit wurde daraufhin aufgelöst. Foxhound blieb seit dem Zwischenfall von Shadow Moses inaktiv. Die sogenannte Foxhound Organisation, zu der sich Raiden zugehörig fühlte, existierte lediglich virtuell als eine von den Patriots geschaffene Illusion, um den S3-Plan einzuleiten.