Le fleuve côtier Vilaine est le principal cours d’eau de la commune. Il coule d’est en ouest et marque la limite sud du territoire, séparant Acigné de Noyal-sur-Vilaine. Acigné se trouve intégralement dans le bassin versant de la Vilaine.

Son principal affluent sur le territoire est la Chevré (ou la Veuvre) qui coule en rive droite, du nord vers le sud1. La confluence de la Vilaine et de la Chevré se situe à l’ouest du centre-ville d’Acigné. La confluence de la Chevré et son affluent le ruisseau du Gué se trouve à quelques mètres du tripoint entre Acigné, Liffré et La Bouëxière.